Впервые создана в 1696. Участвовала в рус.-тур. войнах 18 в. В 1789 расформирована. Сов. Д. в. ф. создана в Киеве в марте 1919. Первым её командующим был А. В. Полупанов (см. Полупанова улица). Участвовала в освобождении Киева от деникинцев (1919) и белополяков (1920), сражалась с войсками иностр. интервентов, принимала участие в ликвидации националистич. банд. Семь кораблей флотилии награждены почётным революц. Красным знаменем. В январе 1921 расформирована. В октябре 1925 в Киеве вновь создан отряд воен. кораблей, переформированный в 1931 в Д. в. ф. (с июля 1940 по октябрь 1941 называлась Пинской в. ф.), к-рая принимала участие в героич. Киевской обороне 1941. Большинство кораблей погибли в боях, остальные были взорваны. Д. в. ф. воссоздана в сентябре 1943 после выхода сов. войск на Днепр. Участвовала в Белорусской, Висло-Одерской и Берлинской операциях. Награждена орденом Красного Знамени (1944) и орденом Ушакова 1-й степени (1945). Вскоре после окончания войны расформирована. В Киеве установлены Днепровской военной флотилии морякам памятник, Днепровской военной флотилии мемориальные доски, Экипажу монитора «Железняков» памятник. Документы и материалы о Д. в. ф. находятся в Музее истории Подольского района.