Основан в 1939 на базе Днепровской биологич. станции (осн. в 1909; первый директор — Н. А. Кеппен, 1850—1910 — создатель 1-й биол. станции в России; умер в Киеве, похоронен на Аскольдовой могиле). Ин-т разрабатывает проблемы в области гидробиологии, ихтиологии и рационального использования биол. ресурсов водоёмов. Здесь работали известные учёные: Н. Г. Холодный, Я. В. Ролл, А. В. Топачевский, В. И. Владимиров, Ю. М. Марковский, Я. Я. Цееб, К. К. Зеров. Директор института — чл.-корр. АН УССР В. Д. Романенко (с 1980). Ин-т издаёт «Гидробиологический журнал». С 1984 ин-т находится в специально построенном 16-этажном здании на Героев Сталинграда проспекте № 12.